aaptとは、Android Asset Packaging Toolの略で、SDKのtools/ディレクトリ内にあります。
このツールをではZip形式互換のアーカイブファイル(zip, jar, apk)の内容確認、作成、そして更新を行うことが出来ます。
また、リソースをバイナリ形式にコンパイルすることも出来ます。
aaptを直接使う機会は少ないかもしれませんが、ビルドスクリプトやIDEプラグイン内から Androidアプリケーションを構成するapkファイルのパッケージに使われることがあります。
更に詳しい使い方については、ターミナルを開きtools/ディレクトリへ移動した上で以下のコマンドを実行してください。
LinuxまたはMac OS X環境の場合:
./aapt
Windows環境の場合:
aapt.exe